提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
洋河白酒亮相荷兰推介中国白酒文化******
中新网阿姆斯特丹1月6日电 (记者 德永健)吃中餐,喝白酒……中国白酒知名品牌洋河5日亮相荷兰,推介中国白酒文化。
当地时间5日晚,洋河“梦之蓝之夜”在荷兰首都阿姆斯特丹举行,与会百余位中荷嘉宾品鉴了以绵柔工艺见长的洋河海之蓝、天之蓝、梦之蓝等白酒产品。
江苏洋河酒厂股份有限公司国际贸易事业部副部长丁一在致辞中介绍,中国白酒是世界烈酒重要组成部分,作为中国白酒知名品牌,洋河肩负中国白酒走出国门、走上海外餐桌的使命,目前已远销全球50多个国家和地区。
此番洋河白酒在欧洲贸易门户荷兰亮相,丁一指欧洲是国际品牌策源地,也是全球烈酒市场重镇,希望以推介活动为起点开拓欧洲市场,让中国白酒香飘更多欧洲国家。
荷兰侨界代表、全荷华人社团联合会主席季增斌在致辞中表示,酒是全世界“通用语言”,一句“干杯”胜过千言万语;中国白酒蕴含深厚中华文化底蕴,希望“以酒为媒”,搭建连接中外的“友谊之桥”。
由于中国农历新年即将到来,活动末尾现场嘉宾斟满美酒,齐喊“干杯”,并拉起横幅恭祝全球华侨华人新春快乐。
资料显示,洋河白酒的酿造历史起于隋唐,发展至今形成独特的“绵柔”口感。2012年,洋河酒厂股份有限公司所在地江苏宿迁被中国轻工业联合会和中国酒业协会授予“中国白酒之都”的称号。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)